下記ヘルプに従って、バーコードの設定の変更を行えば、混合在庫にはなりません。

FBAバーチャル追跡の使用

バーコードの設定の変更

アカウントのデフォルト設定ではメーカーのバーコードに設定されていますが、設定はいつでも変更できます（セクションA）。また、新規に登録するFBA出品商品については、バーコードの設定を変更することもできます（セクションB）。

設定はいつでも変更できます（セクションA）。また、新規に登録するFBA出品商品については、バーコードの設定を変更することもできます（セクションB）。

A.アカウントのバーコードの設定を変更する

・ メーカーのバーコード ： この設定を選択した場合、それ以降に登録されるすべての対象出品商品は、デフォルトでメーカーのバーコードを使用して配送され、バーチャル追跡の対象となります。
・ 商品ラベル ： この設定を選択した場合、それ以降に登録されるすべての出品商品にはデフォルトで商品ラベルが表示され、個々の商品に追加のラベル貼付が必要になります。商品ラベルが貼付された商品は、バーチャル追跡の対象外となります。

https://sellercentral.amazon.co.jp/help/hub/reference/200141480

尚、既にバーチャル追跡の対象になっているSKUの場合は、別SKUで出品し直す必要があります。
FNSKUが変わるのでご注意下さい。

私の場合手動のラベル印刷でプリントアウトして貼ってます。
時折バーコードがないＡＳＩＮがあったりもするので、そのように納品してます。
返品された時、自分が貼ったラベルがついて帰ってくるので、識別されてると思っています。

混合在庫にしたくない理由を教えてください。
混合在庫にするかしないかは
ASINごとに決まっているので
出品者が決められることではないかと思います。
出品者出荷であれば混合されずに保管できる
としか回答しようがないです。

混合在庫にしたくない場合は、在庫管理から、その商品にチェックを入れて、商品ラベルを印刷 にして、必要数を印刷して、JANコードの上に張ります

よく、セットやケース単位で、そのJANが登録されていて、単品で納品しようとすると、ラベル不要になることがあります。

先に、こちらで登録していても、
なぜ、ケース単位が後からJAN登録できるか不明です。変更も面倒なので、シール貼ります

混合在庫の商品にはそもそもFNSKUが付与されません。
ラベルシールを作成できますがFNSKUの部分には
ASINが表示されます。
これをアマゾン倉庫に納品して混合されずに
くべつされるのでしょうか？
もう少し詳しく教えてください。