一回の注文に2点以上の商品があった場合、そのうちの1点のみを返金することはできますか？

はい。注文管理ページでは、複数商品が注文された場合には個々の商品に対する返金ができるようになっています。なお、返金するには注文商品の発送および出荷通知の送信が完了している必要があります。

発送できない商品がある場合は、注文をキャンセルして、発送可能な商品のみを再注文していただくよう購入者に依頼するか、発送できない商品がある旨を購入者に連絡したうえ、発送できる商品のみを発送し、出荷通知の送信後に発送できなかった商品について返金処理を行ってください。