結論を先に書くと知恵はありません。ただし、何が起こっているかは理解を出来たので書きます。

トランザクションレポートについて、3月までは一番左の日付が「支払い完了」の日付で各トランザクションが並んでいました。しかしながら、4月以降は一番左の日付は商品発送日になり、一番右にトランザクションの状況（保留中or支払い完了）と支払い完了の場合は支払い完了した日付が記載されるようにフォーマットが変わったようです。そのために、データの不一致が発生しているのではないかと思います。

問題はどうすれば良いかということですが、一番右の支払い完了日でソートすれば、以前と同じデータの並びになるはずです。ただ、実際にやるとなると、まあまあ面倒ですね… Amazonは何のインフォメーションもなしに勝手にフォーマット変えたりするんで困った会社だと思っています。まあ、いつものことですが。