「FBA料金シミュレーター」の数字で問題がありそうなのは
ご指摘の Amazon出品サービスの手数料の246円
（ペイメントでは「販売手数料」の246円＋消費税25円）

（販売手数料が10％のカテゴリーなら）商品代2460円×10％＝246円
ここまでは特に問題ないのですが、その手数料には消費税が掛かります。
（246円の手数料に消費税10％で25円、25円が更に出品者から引かれる。）
この25円分がシミュレーターとペイメントの差。になっているようです。
要はシミュレーターの計算ミス！ と思われます。

ちなみに「出荷作業手数料」の282円（小型）は「税込み」らしので
シミュレーターとペイメントで、差異は出ていないようです。
（シミュレーター；282円、ペイメント256円＋消費税26円。）