ちょっと意味が分からないのですが、指定された納品先FCが違うって事でしょうか？
それなら、別々に発送しなくてはなりません。

FBA納品マニュアル
（21ページ目）

納品先は、Amazonが在庫のバランスなどを鑑みてその時点で最適な拠点を提案しますの
で、同じ商品でも納品のたびに納品先が変わりえます。また、商品カテゴリーやサイズに応じ
て、受入可能なフルフィルメントセンターが異なるため、商品によって納品先が複数に分かれ
ることもあります。
出品者様のご希望には必ずしも添えかねますことをご容赦ください。

https://sellercentral.amazon.co.jp/learn/courses?moduleId=36&modLanguage=Japanese

追記；
Amazon出品にあたり、出品大学を読破する事をお勧めします。