＞半年ほど前に着払いでの返品で

半年前に返品期限内に起こったことなのか？半年たって今返品がきたのか？流れがわかりません

＞1000円ほどヤマト運輸から送料を請求されました。

返品了承したのですよね？受け取るのなら払わなくてはならないかと？勝手に送ってきたのなら受け取らなければ必要ありませんがお客様からマケプレ保証されれば着払い送料含め全額以上の返金処理になる場合もございます、返品リクエストの初動説明により異なることもございます、ルール通り行ないましたか？不明ならヘルプ参照ください

＞発送した商品は合っており

合っていようがいまいが返品不可品でなければ期限内返品は受けなくてはならないのが販売システムです

お客様責なのか？商品や配送トラブルなのか？により返送料他が変わります、不明な場合はヘルプご覧ください

＞返品自体が不可能なケースに該当しています。

不可能な理由の詳細記載ないので判断付きません

＞この場合購入者に対して損害賠償を請求することはできますか？

お客様に請求はAmazonとしては出来ない（やらせない）と思われます

テクニカルサポートにご相談ください・・・内容により泣き寝入りになるかもしれません

先ほどのレタパプラス（着払いNG）のトピ立てとは異なるとおもいますからこちらはこちらのレスさせていただきました