小口登録だと送料変更は出来ないのでしょうか？

出来ません
小口の送料は Amazon既定の送料になりますので

出品者が受け取る配送料が、実際にかかる配送料より少ない場合でも、注文された商品は必ず配送してください。

宅急便で発送した場合とか 送料に足が出た場合も 出品者負担となります。

これはおかしいですね

小口出品者の配送料

https://sellercentral.amazon.co.jp/help/hub/reference/G201051980
その他のカテゴリー 472円+53円（1kgあたり）

重量を間違てませんか けど、重量の間違いだとしても 送料が20000円って変ですね

解決しない場合は テクサポへ聞いて下さい。