納品プラン作成時に画面上で賞味期限の入力があったものなら、
受領時にいいように対応してくれる場合もあります。

複数まとめた状態の商品とのことですので
まとめたうえでFBA用のバーコードを張り付けているかと思いますが
OPP袋が開封されバラされて受領される可能性もあります。
単品のカタログがあれば「B00xxxx として受領してよいか？」と連絡があることもあります。
（「良いか？」と訊ねていながらすでに受領されていたりもしますが・・・）
時にはバラしたうえでセット商品に単品で出品されてしまっていることもあります。
その辺は納品の担当者によって変わるので、どういう結果となるかはわかりません。

納品されずしばらく経過したのち「不明品」として計上されることもあります。

納品プランが「完了」になれば「納品プランの内容」のタブに
「この納品の調査を依頼するにはyyyy年mm月dd日までお待ちください。」
というような案内があると思います。
その日を超えたら調査依頼して数量差異として計上されるので、
調査を依頼してください。そしたら「発見されました」とされることもあります。

どのみち、不備があったものは無事に計上されたとしても、
妙な扱いをされていることがあるので
一度回収して確認の上、再納品することをお勧めします。