製品コード免除についての申請方法はここに解説があります。
・製品コード（GTIN - UPC/EAN/JAN/ISBN）がない商品の出品方法

実際の免除申請はここから行います。
・製品コード免除を申請

なお、セット品の規約に関してはこちらに記載されています。
・Help / アカウント設定 / 関連情報 / 規約・ガイドライン / 商品ガイドライン / セット品規約

注記しておきますと、書籍に関しては（書籍以外も同一かもしれませんが、私の把握しているのは書籍だけなので、少なくとも書籍に関しては）、先月(9月)末か今月頭にかけて、製品コード免除の手続きが変更されました。

簡単にいうと、従前はコード免除が書籍ごと（申請したい本のSKUごと）に許可され、もしくは不許可とされていましたが、変更後はこれが出版社単位になりました。

ただし初回の申請時には、実際にコード免除したい書籍のデータ（商品名と商品画像）一件分を添付する必要があります。申請が認められ、一度権限を与えられると、以降、その出版社（の「本」カテゴリー）に関しては再度申請する必要がなくなります。逆に申請が認められなかった場合はその出版社の書籍を登録することはできないことになります。

つまり権限を与えられた出版社に関しては従来より簡単に新規登録できるようになりましたが、権限を与えられなかった場合は、従来は可能であった「1980年代前半以前の発行で、ISBNのない書籍」であっても、登録できなくなった、ということです。

具体的にどの出版社の権限が認められ、どの出版社に関しては認められないかをここに書くのは適切ではないと思うので避けておきます（どのあたりまで書いて良いのかヒヤヒヤしながら書いています）。また、この区分が全出品者共通なのか、出品者によってケースバイケースなのかもわかりません。

私に関してはこれまで38社を申請し、権限を認められたのが31社、却下されたのが7社でした。ある出版社が認められるかどうかの基準は正直把握できていません。そこそこ大手の出版社でも認められることがあり、ISBNの出版社コードが5桁とかあるいは出版社コードを持っていないようなマイナー出版社でも却下されることもありました。

私はまだセット商品に関しては登録したことがないので、Ice_Castle さんがうまく手続きできましたら、情報共有していただければ参考になります。