「あまりの理不尽なケース」ではなく、ふつうに被害があれば出します。
直近では2018年5月にECプラットホーム上での不正購入によるチャージバックが65件数百万発生したときに被害届を出しています。
その際は同時期に同じ手口で私の知る限り他に3社（EC上で3店舗）やられており、弊社よりも被害額がはるかに大きかったようですが、他社は被害届は出さなかったようです。
また不正購入されたアカウントの持ち主はカード会社に保護され、結果チャージバックになったため、被害届は出さなかったようです。
不正購入の場合、被害者がバトンリレーのように変わりますが、弊社も最終的に被害額は限りなくゼロに近づいたため被害届は取り下げました。
被害届は操作に協力する意味合いもありますので、当初は回収に動かず被害総額を大きくしていました。
最終的には不正転売された商品を別のプラットフォームで購入した方の多くにも返金され、その不正な商品を転売したプラットフォーム、ではなくそのプラットフォームでその商品を転売したセラーが（仕入額にもよりますが）被害額が一番大きかったと思います。
多分、そのセラーは被害届は出していない（出せなかったかも）。

ECの協議会などに問い合わせると事例を色々と教えてもらえると思いますよ。