自分で作成したカタログでは、商品出品時にご自分で選択したブラウズノードが表示されているハズです。

おそらくそれは、相乗り商品では無いでしょうか？

出品者は出品する際、１つのブラウズノードしか選択出来ません。
出品者が複数なら、他のブラウズノードで出品しているのでしょう。

または、これは規約違反ですが、別のSKUで同じASINに出品出来ます。
その際、別のブラウズノードが選択出来ます。
この違反は凄く多いです。

特にFBAと出品者出荷で同時に出品しているセラーが多数います。
これはお気付きの事と思いますが、規約違反です。

バッグカテゴリーにユニセックスがあれば良いのでしょうが、シューズ＆バッグの次にメンズかレディースを選ばなくてはならないので、当店も苦慮しております。

しかし、SEOの観点で申し上げれば、タイトル・箇条書き・商品説明・検索キーワードが対象ですので、どこかに男女共用と入れておけば、検索には引っ掛かるハズです。