> ガイドラインを読むと化粧品は出品制限の対象になっているようなのですが、普通に「出品する」のアイコンが出て来ます。
「ビューティーカテゴリー」の許可申請は不要になりました。
⇒普通に「出品する」のアイコンが出る
しかし、個別で「出品制限対象」の化粧品はあります（並行輸入品など）
⇒その場合は「出品する」アイコンは出ない筈（許可の表示？）

> WEBで調べてみると「出品許可申請をしないといけない」といった内容のページがあり混乱しています。
昨年11月から「申請が必要だったカテゴリー」が緩和され
「ビューティーカテゴリー」も申請不要で出品が可能になりました。
WEB情報はそれ以前の記事かと

> 当方は大口での登録だから出品許可申請は必要ないのでしょうか？
> また、FBAを利用したいのですが、アマゾンには何か書類を提出しなければならないのでしょうか？？
一般的な化粧品でしたら申請不要で出品ができます。
しかし工業製品などに比べれば「取り扱い注意」の部分は多いので
まずは規約やヘルプをよく確認されてからの出品が良いと思います。

化粧品やFBAでの販売について 関連しそうなヘルプなど
医薬部外品および化粧品
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/G200164470

並行輸入品の出品制限
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/G200936440

要期限管理商品(食品や使用期限が印字されている商品)をFBAで出品する場合
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/G201003420

FBA商品の制限事項 香水、アロマオイル 可燃性液体の事前申請
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/G201003400

以上 ご参考になれば幸いです。