いろいろご意見有難うございます
在庫ファイルでの登録・削除が安定のようですね。

その後なんどもトライしたところ、ある程度は安定して作業できるようになりました。

以下私のやり方を記載。ブラウズノードは文房具・オフィス用品カテゴリーです。

１．新規に商品登録ボタンを押す
２．バリエーションタブを選び、バリエーションの種類を選ぶ
カラーやサイズが多い。このとき子商品の重要情報にある
カラー、サイズを一致させておいたほうが良い。
（たまにエラーを吐いたりバリエーション表示上で子のデータが表示される）
３．追加したバリエーションに子のSKU・ASIN・価格を入れ、コンディションを入力する
最後のカラーマップは悪さをすることがあるので空白にしておく（子の数値と喧嘩する）
４．重要情報タブから商品名、ブランド名、メーカー名、メーカー型番を入れる。
（他はブランクのままにしておく方が安定）
※メーカー型番を入れると、該当商品はこれかと聞かれるが無視してウィンドを閉じる
選択するとここまでのデータ無視して関連商品として登録が始まったりする。

注意事項として
・商品名は４で入力した商品名＋（バリエーション名）に変更される※「括弧付きになる
・バリエーションの並び順はコントロールできない。
・ASINではなくJANで登録するとなんか安定しない。
・SKUを入れていないと新しいSKUが生成されてしまう。
・親アイテムにいろいろ数値を入れると勝手に子アイテムのデータを上書きするので
なるべきブランクのままにしておく。
・この方法で登録した場合、商品画面の更新まで数分以上時間が掛かる。
（すぐ反映することもある。）

こんな感じです。
価格の下の数字に付いては子の詳細タブ内にある重量やサイズの項目を入れると現れる様なので、詳細部分もなるべくブランクのままがいいのかも…

文房具で１m当たりの価格出してどうするんだ…ファイルをｍ売りでもするのか…
たまに重量表示されてファイル１㎏あたりの値段が表示されたり、ファイルの「容量」が表示されたりする。（容量1リットルのファイルって…）
あと電池の有無を大抵入れさせられる。
ねーよそんなもん。
しかも色違いの同一商品を登録してるのに1つだけ表示がそうなったりもする。
はらが立つ。