お疲れ様です。
缶詰のセット販売とのことで凹缶対策に注意が必要ですね。

それでOKかと思います。先日、数種類のふりかけ（人間用）の可愛らしいパッケージがセットになった物を購入しましたが、種類毎に賞味期限が違っていて全部チェックしましたらキチンと一番期限が短い商品の日付でセットにラベリングされていました。
これ結構チェックしながらの作業が大変そうですね。

Amazonの倉庫でどんな扱いをされるのかわかりませんので凹缶対策としてもエアパッキンの方が良いかもしれません。よほど丈夫でないとシュリンクのフィルムが破れればバラ缶になってしまいセットとしては販売不可になる可能性あると思います。

セット梱包の外から商品のバーコードが確認出来ない状態なら個別にバーコード隠す必要はありません。
缶詰は商品の側面にバーコードが印字されている場合が多いと思うので、印字されている位置を揃えてパッキングし、バーコードが見える面にセット販売の商品ラベルや賞味期限、開梱厳禁のラベルを貼って隠してしまえば良いのでは？

缶詰はどこかへちょっとぶつけると凹んだりするので扱いにくい商品かもしれませんね。いろいろ梱包材も試してみた方が良いかもしれません。