元々、高さ調節のしてある箱は受領拒否されるルールですね。
これまで何度も受領されてきたのはたまたまスタッフさんが緩くて受けてくれていたか
このルールを知らないスタッフさんだったのだと思います。
もしくは、受領を拒否して返送するのも手間がかかるので仕方なく受け付けているか・・・

弊社はトラックのチャーター便でFBA納品をしているので受領の現場へ行くのですが
現在、ほとんどのFCではトラックから荷降ろしされた荷物は配送ラベルをスキャンし終わると即、開梱されていくようです。
箱の中に刃が入ってしまわないように刃先が1mm位しか出ていない開梱専用のカッターで箱のセンターのテープ止めしてある所を割き
箱の蓋を両側にパンパンと跳ね上げて開梱します。
ローラーのコンベアの上を荷物を次々流しながらの作業ですから一箱に1～2秒で開梱だけを専門でするスタッフがいるそうです。
その先には商品を取り出して検品する部署があるのでしょうが、受領現場で実際に見て取れるのはこの開梱するところまで。

高さ調節の箱はこのパンパンと跳ね上げて簡単に開梱する作業が出来ません。
AmazonのFCのように一日に何千何万という大量のケースを受け付ける現場では
この簡単に開けることの出来ない箱は作業効率を落とす、場合によっては作業の流れを止めてしまうやっかい物に他ならないはずです。

他にもバンドでくくらないとかバラけてしまう緩衝材（サラサラ）なんかもNGとなっていますが
恐らく理由は同じで、バンドを切ったり、バラける緩衝材を取り出して捨てる手間が作業効率を落とすからだと思います。

また、高さ調節の為に箱の途中で折り目を入れた箱って、バラして畳む時にも綺麗に畳めない事がありますよね。
AmazonのFCは届いた荷物の箱を畳んで専用の台車に乗せて古紙回収のパッカー車が取りにくる場所に集めるようですが
簡単に畳めない箱はやっぱり手間で嫌なんだと思います。

FCには古紙回収のパッカー車がひっきりなしに出入りしてるそうです。
それだけ凄い量のダンボールが存在するわけで、その一つ一つの処理に掛ける手間をなるべく減らしたい・・・
私がAmazonのFCを管理する立場だったら、おそらくこの問題をかなり重視します。

受領の遅延発生とかいろいろな問題を抱えているFCも多いと思いますが
その原因の一端が実は出品者の納品ルール無視だったりしないように注意したいものです。