Akubiさんのおっしゃられる手順を踏んだ後、
返品商品が到着してから確認をして返金処理でよいと思います。

今回のケースはユーザーに届いていないのでいいですが、
ユーザーより返送の場合破損等の可能性もあるので。

返金手順はヘルプにも書かれていますが、
注文管理の出荷済みから該当注文を開いて「注文を払い戻す」を選択
返金金額を入力して完了です。
返金金額を入力する際、発送料金やキャンセル料を差し引く場合は電卓たたいて数字を入れます。