別トピのブックス老婆心さんにもレスしましたが、元々同じ数字を間を開けずに続けて入力すると00は〜、11は★となったものを、iOSではフリック入力を有効にすると同じ文字を続けて入力することができるようになります。
フリックは早く入力できるようにするためのもので、グズグズ入力すると0は00、1は11と同じ文字を複数回入力しようとしていると感知します。

トピ主さんの場合、その入力スピードがフリックで「長押し」＝複数回入力と認識されたうえに、変換候補が表示されているということはダイレクト入力ではなく日本語変換の辞書にも複数回入力が辞書登録されている可能性もあります。

キーボード入力で「日本語変換」を外して英数字入力をするか、設定で「フリック入力のみ」を外すかしてみてください。
一度間違え2を22とか入力すると「予測変換」が学習して、次からは2は22と出るようになります。
ついでにユーザー辞書もリセットしておかないと、辞書に記録されている可能性大です。

なぜ自身の設定の問題だと思わないのか、私は不思議ですが、、、
とりあえず、設定はこうなっているんじゃないですか？

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