中古セラーです。
他の方が基本的なことを説明されていますのでそれについては割愛させていただきますが
おそらくですけど、倉庫では置いたときにバーコードが見える形で保管されているだろうとして
なるべく商品の上面か、それが無理な場合見えやすい側面に張り付けています。
それが無理な場合というのは、上に平らな面、
もしくはプチプチが突っ張った面が来ない場合です。
バーコード管理なのでしわがつくと読み取り不可になる可能性がありますので。

また付属品と本体を別梱包にしないとバランスが悪い場合はそれをテープで束ねて一つにしてから同様に張り付けています（形が悪いとラップはずれます）。
小さすぎる商品は箱付きであっても商品を袋などに入れて面積を増やしてからそこにラベルを貼っています。その際商品が袋の中で動くようなら、商品のバーコードは白テープで隠しています。
細かい商品は段ボールの隙間とかに潜り込んでロストする場合があるので
袋や箱などに入れたうえで倉庫で開けた方が見れば一目でに分かるように箱に入れています。

箱なし中古商品の箱入れはかさばるので、規定サイズ規定重量内でどれだけ詰め込んで倉庫に送れるかが利益に直結するので、なるべく避けています。
結局箱に入れるにしても裸で入れるわけにはいかないので二度手間ですしね。
何度も繰り返し納品する再現性の高い商材をお持ちでしたら箱もワンサイズで済むので検討されてもいいかもしれませんね。

正直、細かな改定はともかく
ガイドラインの基本的な部分を読んだのがかなり前のことですので
情報が正確かどうかはわかりませんが
少なくともこのやり方でアマゾン側、お客様側ともにラベル関係のトラブルになったことはないので問題ないかと思います。