＞半年ほど前に発送した商品が受取人不在のため当店へ返送されました

返送された時期に送料差し引いて返金処理しましたか？

＞このケースでは完全に購入者側に落ち度があったにもかかわらずマケプレ保証申請が通ってしまいました。

トピ主様が何をもって落ち度と判断したのかはわかりませんが

不在であったということは、商品は届いていないことは確実で、M保申請されれば即承認事項だと思います

注文不良率発生などお気持ちはわかりますが、送料差引いて返金処理しておけば今回の処理は回避できたのかもしれません

アマゾンで販売するということは理不尽が発生することもありルールシステムがございます、納得できなければサポートと交渉もできます