低価格商品の決済には日本の決済システムの構造上の問題もあり、商品価格に対する手数料だけでは販売する場を与えることがamazonなどモールには逆ザヤにもなります。

昔から自社でECをやっていた方は皆ご存知だと思いますが、カード決済は手数料以外に1トランザクションあたりの手数料も取られていました。
与信で1件、決済で1件。これが安くなったとはいえ取引量が少ないお店は長い間1件6円ぐらい。
カードの決済手数料とは別にです。
これが与信、本決済とかかると12円、10円でも、10,000円でも、商品のカード決済するため費用の一部です。

実際には送料を回収するにもカード決済を使っているので、カード決済手数料10円に対してではなく送料を含んだ総額に対して決済手数料がかかるので昔ならトピ主さんの例だと291円に対して決済手数料だけでも12円＋12円(決済手数料4%ぐらいとして)の24円が10円の商品の決済にかかってきていたわけです。

こういうこともあり、低額商品は扱わないECもありましたが、決済手数料は送料を含めた総額にかかるので、モールの手数料も自然と送料込みの総額に対してかかるようになったと思います。
特にamazonは昨年のキャッシュレス推進事業まで手数料に含まれるカード決済手数料は公開していませんでしたが、手数料はやはり送料の部分もamazonが代わりに回収することを考えると、それを含めての手数料と考える方が妥当かなと思います。