ちょっと後日譚を書いておきます。
本日、ヤマトの営業所で発送ついでに、宅急便コンパクト専用箱を調達してきました。
その際、発送した荷物は同じ箱で同じ梱包だったのですが、「宅急便」と「宅急便コンパクト」が混じってしまっていました。
昨晩はちゃんと全部「宅急便」でラベル出力したのですが、その前にラベル出力した「宅急便コンパクト」の分が混じっていたのです。

ヤマト運輸の窓口でスキャンされた際、係員さんから「あれっ、こっちはコンパクトじゃないですけど、いいんですか？」と聞かれました。
貼付した伝票にも「宅急便」か「宅急便コンパクト」かは明確に印刷されており、それを見落としても、スキャンした際にヤマトの人は気づくわけですね。
ここで「専用箱ではないので駄目です」と言われず、逆に「コンパクトじゃなくていいのですか」と聞かれたということは、少なくともその窓口では「マケプレ配送でも宅急便コンパクトは専用箱が必須」という認識を持っていなかった、ということだと思います。

ともあれ、みなさん言われるように、後でトラブルになっても困るので、Amazonの案内どおり、宅急便コンパクトの場合は専用箱を使うのがいいと思います。
専用箱で売上を得ているのはヤマト運輸なので、ヤマト運輸が引き受ける以上、Amazon側はどんな箱だろうと困らないと思いますが、Amazonが「専用箱必須」と案内している以上、そういう取り決めになっているのでしょうね。