イマイチ書いてある文章の意味が理解できないですが、AmazonさんにFNSKUラベル貼りを依頼する場合、JANコードの表示があることが条件だったと思います。通常はJANコードの上にFNSKUラベルを貼ってJANコードを隠します。したがって、JANコードとFNSKUラベルの2つが表示される状況にはならないと思います。

Amazonで商品を購入するのであれば、他社さんがどのような処理をしているか注意深く見た方が良いと思います。通常はJANコードの上からFNSKUラベルを貼っているか、もしくは白いラベルをJANコードの上に貼って見えなくしているか、そのどちらかの処理をしている商品が多い印象です。