粗利ベースでは儲かっているでしょうね。
シアトルの新しいオフィスでは300種類の草木があり川も流れるそうです。
そういった施設設備に数千億～兆円レベルの投資をしています。
(私もそんなオフィスで仕事をしたいものです。)

それらの利益は、我々セラーの販売データ等のビッグデータを活用してアマゾン販売を行うことや、我々が収めた手数料によって賄われています。
我々セラーが発掘した商品でも売れ筋になれば、最近でもアマゾンさんが別ページ作って更におまけ等をつけて販売開始したりしますよね? もちろん相場で売りますので、本来我々が払っているような手数料分は丸々アマゾンさんの儲けとしてアドオンされます。
そうやって稼ぐのがアマゾンさんのビジネスモデルです。

推測の域を超えませんが、利益を出すと税金が取られますが、国家に対して1円も税金を払いたくないと考える企業は、あらゆる合法的な手で、節税に取り組みます。

パナマ文書なんてありましたよね。

いろんな名目で、海外に金を飛ばしたり、支払いを早めたり、支払いを遅めたり。計上月をずらしたり。

粉飾まがいのものから、単純な現場でのミス、法解釈の相違など有るでしょう。

財務経理の担当者がミスが無いように目を光らせても、現場のレベルで何十億というずれが生じるような会社もあります。

一方で、儲かったら積極的に税金を収めようという奇特な企業もあるものです。しっかり稼いで、しっかり税金を収めて、会社の信用を高めて、社会貢献しようと。その場合は見た目もしっかり儲かっているように見えます。

会社の方針の違いでしょうね。