FNSKUさえ違っていなければ大丈夫なはずです。以前私もFNSKU入りの独自デザインの商品ラベルを作成し納品したことがあります。

OKだとは思いますがamazonの推奨する機能ではない方法での発行になりますから、いきなりNGだとされても文句は言えませんのであくまでご自身の判断で行ってください。私はリスク回避のため早々に取りやめました。

（関連トピックの情報はそのものズバリの回答ではないので役に立つかは未知数です）

追記:

投稿し終わってから気づきましたが大昔（5年くらい前）にTSに問い合わせたのでした。

当時は原則として改変は不可だという返答を受けたのを記憶しています。その際、手元にFNSKU入りの綺麗にデザインされた商品ラベルが貼られた商品を持っており、自分もやりたくて実物を見ながら問い合わせました。

返答はNGでしたが、実際にやっている人がいるわけだし、当時は色々試したかった時期でしたからTSを無視して自分で似たようなものを作って貼って納品してみたところ受領されたのを覚えています。しかし独自ラベルにするメリットが薄いという判断でほどなくやめてしまったというのが私の経験です。

現在はどうなのかわかりません。この質問に添付されている画像をそのまま添えてTSに問い合わせされ、結果をシェアくださると助かります。