連絡行ったことはございませんし、今回の商品（化粧品やサプリ他）もわかりませんので

＞真贋調査の際、メーカーや取引先にAmazonから取引実態の確認をする等の連絡が行ったこと

？？：逆の例が多いかと思います、メーカーや卸店や正規ルート仕入競合店から通報されてから、真贋調査が発生する流れです

メーカー側も（販売許可要不あるかは不明）正規販売店の把握はされている場合もございますし、卸問屋経由しない現金問屋や小売店転売品は品質管理上（クレームはメーカーに来るので）嫌がることかなと感じております

今回はメーカー側？が把握できていないトピ主様のSHOPということかもしれません

ご存じのように、いくら本物でもAmazonは卸問屋（小売店や不備の多い領収書はNG方向）仕入請求書類で判断します

トピ主様がAmazonが承認できる所定事項記載の請求書を提出するか？販売許可証のようなものを問屋経由でメーカーから受領して提出すればいいだけのお話しかと感じております

別の例として：購入していただいたお客様から不安不備を指摘された場合もAmazonが動くことがございます、その場合はいちいち正規ルート調査をAmazonが手間かけて行わないと感じます、セラーから正規取引証明書類の提出をもとめて判断します

情報が少なすぎて、他の方が回答されているとおりです