こんにちは。
マルチチャネルサービスを利用している立場で感じていること等を書いておきますね。
長文ご容赦ください。

>１、配送までの日数はどのくらいでしょうか。

当方の商品は小田原FCからの発送が多いのですが、通常配送の場合、関東～近畿が翌日から翌々日、それ以外の地域は+1日程度です。
14時頃が当日出荷の締め時間となりますので、それ以降は+1日です。
通常時期は、配送が遅い印象はありません。
ただし、セール等でFCが繁忙となった場合は、著しく遅くなることがあります。
例えば、昨年12月のサイバーマンデーの後は、お急ぎ便選択不可で通常配送は1週間後でした。
なお、発送に遅れが出ている場合でも告知は一切ありません。

>２、現状利用されている方からのデメリットやアドバイスがあれば頂きたいです。

デメリットをお聞きになっていますので、メリットはご理解いただいている前提で、当方が感じているデメリットのみ書きます。

・小規模の配送業者を使用している。
Amazonが「デリバリープロバイダ」と呼んでいる小規模配送業者がいくつかあります。
ネットで検索していただくとわかると思いますが、これらの小規模配送業者の評判はあまりよろしくありません。
最近もAmazonと契約する小規模業者が増えているようですので、今後利用する割合が上がっていくと思います。
なお、幸いなことに、当方では今のところ配送業者に関するクレームはありません。

・サービス内容の変更があっても告知されない
運用の変更等があっても基本的に告知はされません。
事前告知どころか、事後の告知もありません。
ある日突然変わっていることに気づいて慌てることがあります。
なお、変更に気づいてテクニカルサポートに問い合わせても、テクニカルサポート担当者も変更の事実を知らないこともあります。

・サポートに期待できない
マルチチャネルサービスで発送依頼をしているものに関してテクニカルサポートに問い合わせても、基本的に満足する回答は得られません。
何かおかしな点があっても、発送されるまでじっと待つしかありません。

・融通が利かない
たまにあるのですが、発送依頼をした後にお客様からのリクエストが入ることがあります。
例えば「お届け先変更」や「追加注文の同梱依頼」等です。
このようなリクエストには基本的に対応できません。
マルチチャネルサービスで発送依頼し、ステータスが「出荷準備中」になった場合はキャンセルができないことが多いです。
システム上キャンセルできた場合でも、FCで出荷作業に入った荷物を抜き取ることはしませんので、そのまま出荷されることがあります。

・発送した荷物は、配送業者では「Amazonからの荷物」として認識される。
配送伝票の発送元にAmazonの市川FCが記載されます。
販売者として店舗名も記載されますが、配送業者はAmazonからの荷物と認識するようです。
配達時不在の場合の不在連絡票の発送元に、当方店舗名ではなくアマゾンと書かれていることがあるようです。

>３、1箇所への発送で、２個以上の注文商品を届けた場合に、同梱がされず、配送手数料を２回分取られた事がある方はいらっしゃいますか。

何度かあります。
異なるFCに保管されている商品を同梱で発送依頼した場合に、別々に発送されることがあるようです。
当然、手数料はそれぞれに発生します。
代金引換の場合は、代引き手数料もそれぞれに発生します。
当方の場合は、頻度がそれほど高くはないので、やむなしと割り切っています。

以上です。
デメリットについては、デメリットのみ書いていますので、とんでもないサービスのように感じるかもしれませんが、メリットとのバランスで考えてください。
当方はメリットのほうが大きいと判断し利用しています。

ご参考になれば幸いです。