FBAと出品者発送を主に送料など費用面の違いに重点を置いて比較されているようですが、
FBAの方が単純にコスト比較以上に断然売れ易いです。
私の場合は在庫の95%はFBAです。特別な理由がない限りはFBAにしています。

私が思うFBAの長短所は次のような感じです。

FBAの長所

1.注文を受けてからの作業が楽
私の場合は中古PC周辺機器が多いのですが、出品者発送の場合は注文を受けてから当該商品を探し、動作確認やクリーニング、梱包等を行っています。時折商品が簡単に見つからず、また動作確認時に不具合が見つかりあわてて代替在庫を探す事があります。基本的に1-2日以内出荷としているので、そのような場合は結構あせります。
FBAの場合は注文受注後の作業がないので、精神的/作業量的に楽です。

2.価格競争力/カート取得率が高い
出品者出荷の競合商品と比べると、圧倒的に価格競争力が強く、多少価格が高くても選ばれる事が多い。 また、カート取得率が高い。
私は安値価格戦略派ではないのであまりカート取得率は高くないのですが(だから売れない)、多くの人はカート取得をターゲットとした価格設定を行っています。

3.送料無料、FBAの方が購入者にとって出品者発送の商品より「購入しやすい」
カート、価格面以外に、購入者にとってFBAの方が「送料無料」「無条件に返品を受付」「出荷/配送が迅速というイメージがある」などメリットがあり断然購入し易い

FBAの短所

1.悪質な返品でもAmazonが無条件で受け付け
そのため、虚偽の理由による返品、悪意によるすり替えの返品、部品が一部欠損した状態で返品、などが起こりえる。Amazonは返品申請の理由を確認せず、返品された商品の中身も確認しないため、悪質な返品を防ぐ事はできない。

2.馬鹿にできない「長期在庫保管手数料」
FBAは月次の在庫保管手数料の他に、半年とか1年とか在庫期間が経過した長期在庫に対して「長期在庫保管手数料」の名目で課金します。この「長期在庫保管手数料」は結構馬鹿になりません。その課金を避けるために、私の場合は長期在庫は課金時に一斉返送するよう設定しているのですが、在庫の数量にもよりますが、一斉返送する際の作業がこれまた馬鹿にできません。私の場合、回転率が悪く眠っている在庫商品が多いのですが、
Amazonとしては「Amazon倉庫には回転率の高い商品だけ置いてちょーだいな」と言っているのです。

3.2020年から始まる新しいFBA在庫管理制限
2020年4月から新しいFBA在庫管理制限が始まります。FBA在庫パフォーマンスが350以下の場合、FBA在庫の容量が制限される事になります。ちなみに、私の場合は森友哉の打率にも届かない数値なので、容量制限が適用される事は自明で、この容量がいくらになるのか戦々恐々としています。

4.配送/保管時の破損リスク(丁寧に扱ってくれるわけではない)
配送/保管時に商品の特性や壊れやすさなど一切考慮されないので、倉庫保管時または購入者への配送時に破損のリスクをある程度考慮する必要があります。商品を適切に保護せずそのままFBAへ納品すると、痛い目を見る事があります。

5.大型商品の場合は返品食らうと悲劇
大型商品の場合、返品を受けてしまうとFBA倉庫への往復送料がかさんで悲劇になる可能性も。売れなくて長期在庫化していまう事も避けなければならないし、商品の保護にも気を使う場合があるので大型商品をFBAに預ける場合は売れ易さ、返品され易さなどを考慮した上で考えるべきでしょう。

BMVDなどの商品ジャンルによっては上記は当てはまらないかもしれません。また競合状況にもより一概ではありませんが、当方の取り扱うPC周辺機器や家電系では圧倒的にFBAの方が売れ易いのは事実です。