Spartacusさんこんにちは。

「よく一緒に購入されている商品」の抽出構造は単純すぎてあまりあてにならないと思います。
構造的にわかりやすいのは、掃除機や浄水器などの同一機種にカラーバリエーションと消耗品があるものです。

例えば、浄水器の白＋対応するカートリッジ＋同じ浄水器の赤といった組み合わせでよくお勧めされます。
しかも、3点ともカートに入れようよ！と誘ってきます。
浄水器(白)を買った人がカートリッジを買うのは理解できます。けど色違いで浄水器を揃えたいとは、あんまり…。
カートリッジからリレーションさせたときに、購入率が高いもので、同じ商品ジャンルで、先に掲出したものを除外すると、色違いの同一機種がヒットするのだと思います。
一緒に買いそうでなくても、ジャンルが同じもので販売履歴をクロールしているので、同じようなものが並ぶのでしょうね。

同じような理由で、メールで来るおすすめ商品もあてになりません。
掃除機（青）を買うと、掃除機のの色違いや、似たような掃除機を沢山おすすめされます。
炊飯器を買っても・・・。

書籍類であれば、うまく機能していたのだと思いますが、家電系ではあまりうまく働いていないようです。

お悩みの点の解決には至らず蛇足であることは十分承知しているのですが、おすすめ機能もあんまり気にしすぎないほうがよさそうだとお伝えがしたくて。