ヘルプより抜粋

FBAパートナーキャリアサービスの利用に関する注意

FBAパートナーキャリアは、国内にあるAmazonフルフィルメントセンターへの配送に対して割引料金を提供し、費用は「納品時の輸送手数料」として出品者のアカウン トに請求されます。納品情報を作成する際に、FBAパートナーキャリア（日本郵便またはヤマト運輸）を配送会社として選択するオプションが表示されます。また、必要事項が予め記入された配送ラベルを印刷して使用します。

• FBAパートナーキャリアサービスは、コンビニからの発送ではご利用いただけません。
• 集荷サービスは利用可能です。または、地元の郵便局やヤマト運輸の営業所に荷物を持ち込むこともできます。

上記記載がある通り集荷可能です。
また請求はアカウントに直接請求されるため、売り上げと相殺されるかと。
FBAパートナーキャリアを使用せずに
ヤマト運輸で発送する場合は専用ラベルでの使用できず、
ヤマトのラベルを使用する必要があります。

一定量送っているところだと直接ヤマトと契約したほうが安いかも知らんけど