同じ現象かわかりませんが、同様事例で問い合わせ実施。

変更を行うと「15分程度でで反映される」と表示されますが、反映が遅いためテクニカルサポートに複数回確認しております。結果、2時間、4時間、24時間待てという統一のない回答を得ております。実際にかなり時間経過後に更新されるようです。
サポート側には以下の提案をしておりますが、
・15分という表記を変える
・アナウンスや注意喚起をする

何時間か経過したら正常に表示されているので障害ではない。
とのことでそれらは実施しないようです。

注意点として、配送設定の変更、送料込み金額の変更などを同時に行っても、
価格と送料で反映に数時間の差がでる場合があります。
(電話でオペレーターに「たしかに反映されていませんね、送料無しで買えてしまいますね」と言質取っていますが、システム確認後「今は治ってる」と何時間か経過後に完了報告が届きます。

お金に関する部分は、出品者に明らかな不利益を生むため、事実確認しているにも関わらず放置しているのは、法的に問題があると思われますが、未だに解消されません。