同一SKUの要期限管理(期限違い)を、FBAとして一度に納品したいという認識で良かったでしょうか？

であれば、納品プランを期限毎に分けるのは絶対のルールですので
まずは異なる期限の数だけ、プランを作成して下さい。
同じタイミングで似たような商品の納品プランを複数作成すると、
高い確率で納品先も同じとなる事が多いためです。
（もし納品先がばらけてしまったら、同じになるよう時間を改めてみてください）

配送先が同じになりましたら、それらを個口いくらの一般的な宅配便ではなく、
容積換算で送料が決まる配送方法、具体的にはクロネコヤマト宅急便のヤマト便配送、
福山通運などを用いる事で、荷物複数個を1個口として扱いますので送料をグッと抑える事が出来るはずです。
何年か前までは前回納品されたものより期限が古い同一SKUの要期限管理の納品はNGでしたが、
現在はこれが緩和されており、期限が前後していても問題ありません。
また同一SKU要期限管理の期限違いは、プランを分ける必要はございますが、
複数のプランを同一配送してはいけないという納品ルールはないため、
結果としてこのような方法を取ることが出来るようになります。

もしくはFBAの納品先がお近くにあるようでしたら、事前に予約は必要ですが
直接倉庫への持ち込みも出来ますので、こちらもわせて検討されてみても良いかもしれませんね。