日々のご商売ご苦労様です。皆様今日の出荷もひと段落したところでしょうか。
隙あらば自分語り、長文失礼。事務所のエアコンが新しくなって快適なので浮かれています。

出荷通知、手打ちだとイージーミスの原因になるし目も疲れるしで、自動化したい筆頭ですよね。
ECモールと連携出来るクラウドツール、Amazonの連携ツールの紹介ページを見ても結構な種類がありますしそういうの試してみても良いかもしれません。

当店は楽天市場とYahoo!ショッピングを本格的に使い始めたタイミングで各モールの受注処理を統合出来るツールを物色しはじめ、楽天系の子会社Hさんのツール（仮にRとしておきます）を使ってます。

微妙に操作系がとっちらかってる感じはあってベストではないんですが、

R（で操作・以下同）・モール(Amazonやら楽天やら)から受注情報を引っ張る
（→ボタンひとつ押すだけで各モールの受注がまとめて新規受注一覧に追加されます）
→R・ピッキングリストと納品書を印刷し、受注ステータスを出荷待ちに
→R・送付状情報を運送会社（ここでは仮に猫とします）の形式のCSVで書き出し（CSV-1）

→猫・CSV-1を運送会社のツールに取り込んで送付状印刷
→猫・運送会社のツールで伝票番号一覧のCSVを書き出し（CSV-2）

→R・猫のCSV-2をRに読み込む
→R・出荷した注文についてステータスを「発送済み」に変更
（→同時にモールへ伝票番号込みで自動的に出荷通知）

…といった感じで結構な部分を自動化出来るので結構便利です。
手作業が必要なのはどの受注情報をCSVにするかを選び、書きだしたCSVを運送会社のツールに入れて印刷し、割り振られた伝票番号込みのCSVを再度取り込んでステータスを出荷完了にするとこだけ。
このおかげでかなりイージーミスが減らせていると思います。

念のための確認以外では受注・出荷についてはAmazonのセラーセントラルや楽天RMS、Yahoo!のストアクリエイターには全然触らなくても済んでしまいます。

おかげさまで日々の出荷数が伸び、結構な時間を送付状関係に取られていましたので、さっさと使うんだったなーと思ってます。

ちなみに↑のH社のRは猫の他に飛脚やカンガルー2形式も扱えるようですよ。
（ついでになんならWowma!やGMO系のショッピングカートにも対応）

実のところ、うちの場合はRのツール群は楽天市場の出店契約があると月額がお安くなる＆月額の上限アリというのでコレにしただけで、このツールがベストではない可能性はあります。
（例えば統合ツールからダイレクトに運送会社の送付状が刷り出せたらもっと楽ですよね）

全数FBAならこうしたツールは不要なんですがFBAはFBAで色々ありますからね。
この手のツールは月額+1件いくら、みたいな契約形式のものが多いようです。試用期間があるものがほとんどなので、いくつか試して相性が良さそうなのを探すといいかもしれません。