結構難しい判断です。購入者が「不良品を売りつけられた」気持ちでいる事を考慮すると、マケプレ保証申請をするのは当然予測されます。

出品者として「規約により30日を超えた場合は返品は受け付ける事はできません」と対応するのは一つの選択肢だと思いますが、マケプレ申請は覚悟の上のはずです。
もしマケプレ申請されて困るようであれば、初めから強気の対応に出なければいい。

中古品の不良返品の場合、購入者の勘違いの場合もあるし、本当に不良かもしれない。

本当に不良の場合、私だったら30日を多少経過していても、全額返金します。役に立たない商品、不良品を販売した責任として。

とはいっても、返品された商品を確認して実際は不良ではなかった時に返金額を調整する対応もまたこれは難しく面倒でもあるので、結果的に「本当は不良でなかった場合」でもよほど高額品でない限りは、返品はそのまま受け付ける、という事が多いのが実情です。

ただAmazonの返品ポリシーに則って到着日から30日を過ぎたため、20％減額の返金になります。とご連絡しました。

確かに、以前はヘルプで「30日を超えた場合は20%の減額」の表現を見た事があります。
(今でもあるでしょうか？) 私はこれについて理解ができませんでした。期限が記されていなかったからです。30日を超えて永久に20%減額を補償するのか？そんなことはないでしょうが、Amazonが販売した新品商品についてはそのような対応をするのかもしれません。
が、マケプレセラーにも同様に無期限20%減額返金対応を強いているとは思えません。

購入者としてみれば、1年や2年前に購入した商品に対して20%の減額返金対応はまだ有難いと思うかもしれませんが、「30日を2日超過した」ばかりでは、有難みではなくむしろ嫌味を感じる事でしょう。20%減額返金は、返品拒否と同じ意味だと受け止めると思います。

購入者の気持ちを代弁すると、「不良品を売っておいてその対応はないだろう。全額返金どころか、新しいバッテリーを購入した金額分まで補償してほしい」という気持ちかと思います。

とはいえ、返品するなら30日以内に、という言い方もできる訳で、どこまで温情対応をするかは店舗次第です。温情対応するしないによってマケプレ申請や低評価を受けるのは予想される事で、その点はもちろん覚悟の上です。

もはや、この件についてはマケプレ申請されたので、出品者としてできる事はありません。裁定の結果を待つだけです。次回以降、同じようなケースが発生した時にどうするかを考ておくべきでしょう。