テクニカルサポート様から本件に関しての回答を得られましたので共有情報として載せておきます。

・お届け先がブラジルのご注文をする際のお客様側への注意喚起表示。
・宛名記入時の必要事項として番号記入枠の増設と記入の強制。

上記でございますが、担当部署に確認いたしましたところ、現在、上記のような対応は行っていないとのことであり、
今後の対応については、未定との回答がございました。
出品者様には、大変ご不便おかけしている状況でございますので、今後、ブラジルからの注文の「受取人様の納税番号の記入」対応等について、
対応していくよう、改善要望として、担当部署に強く報告させていただきました。


・納税番号(or パスポート番号)未記入のまま注文が通ってしまったご注文の出荷遅延に対するペナルティ免除が出来るのかどうか？

上記でございますが、もし、購入者様の返信の関係で、出荷遅延になり、パフォーマンスに影響した際は、テクニカルサポートにご相談ください。
担当部署に経緯を伝え、パフォーマンスを考慮するよう、パフォーマンスの考慮依頼を行わせていただきます。
もし、出荷遅延等でパフォーマンスに影響した際は、大変お手数おかけしますが、テクニカルサポートにお問い合わせください。

との事です。
つまり
『ブラジル宛の注文が来たら即座に確認。税務番号等が記載されていない場合は購入者に連絡して返事をもらう。宛名書きに番号を書き足して出荷する。』
※記入形式は↑で貼った画像を参照。
これで出荷期限内に済めば万々歳。

お客様からの返事が来ず発送が遅れそうな場合は、『根気よくメールを送って返事を待ち、回答を得てから番号を書き足して発送。その後、テクサポに経緯を伝えて、パフォーマンスの考慮依頼をして貰う。』
※返事が遅れてる時点でテクニカルサポートに一度目の相談しておいた方が安心かも？
ってのが正解の様です。

ただまぁ、滅多に売れない商品であればその機会を逃さない様に粘るべきとは思いますが、バカ売れ商材で販売機会の損失の方が勿体ないと感じる場合は、“お届け先住所に発送不能”（でしたっけ？）を使って発送前キャンセルをするのも一手かもしれません。
（テクニカルサポートに適用可能か先に相談した方が無難？）
そこら辺は自己判断でお願いします。