結果のご報告。
同じ商品2点搬入済みに戻り登録がならない商品は無事午前中の内に切り替わり納品完了しました。

納品プラン１つに対し異なる商品を各1点納品したものに関してですが

・1点の納品に対して2点での受領となっておりましたが、こちらは受領数の修正が完了いたしました。
現在は、正しい受領数「1点」となっておりますため、ご確認ください。
倉庫側での受領データ登録に不備があり、ご不便をおかけしましたこと大変申し訳ございません。

との事です

行方不明になっていた商品は

上記納品いただいた1点が未受領状態となっておりましたが、本日発見され出品者様の在庫へ計上が完了いたしました。
倉庫側での処理の都合上、「在庫調整」にて計上となっており、納品手続き画面では受領の数値が0のままですが、出品者様の在庫数として1点計上済みでございますため、問題ないものとして、ご了承いただければ幸いでございます。

との事です。

やはり諸先輩方の書き込みにもありました、処理能力（人員・受け入り体制など含め）のキャパオーバーなのかなと思います。
それに伴い自身も余裕をもって納品及び見守ろうと思います。
皆さま大変お騒がせさせてしまいました事とご教授いただき勉強になりました事をお詫びと感謝の念で一杯です。
ありがとうございました。