本当に付録は付いていたのでしょうか。

商品は子供雑誌で本に付録が挟まれているものです。
仕入れた時点でパッキングしており、付録を取り出せない状態になっておりました。仕入れた時点で付録がついていないということは無かったと思います。

思いますという事は、付録の有無を確認した上での出品ではないという事ですね。
付録の現物を自身で確認していなければ、ひょっとして付録が抜かれた物を仕入れてしまった可能性はないでしょうか。

私はPC周辺機器の中古をメインに扱っていますが、中古品が再シュリンクされて「あたかも新品のように」市場で流通している事はよくある話です。

普通の購入者であれば、実際には付録が付いていたのに、わざわざ「付録がなかった」と虚偽の評価コメントを付ける事は、(勘違いでない限り)、まずあり得ません。
肯定であろと否定であろうと、評価を付ける事、コメントを入力する事は、購入者にとっては「余計な手間」なので、よほどのモチベーションが働かなければ、購入した商品に評価をつける事はありません。

付録を抜き取って返品し、ただで付録をゲットするつもりで購入するパターンもあるかと思いますが、返品や返金について記されていないので、その例ではないのかと思います。

また、競合出品者による悪意など特定の動機がある場合は虚偽の評価コメントをつけられる可能性もあります。

ただ、普通に考えると、動機がないのに虚偽の評価コメントをするとは思えないのです。

まずは購入者にメールで連絡し、商品の状態を確認するべきではないでしょうか。
本来の付録が何であったか。付録の厚みによっては、出品時にきづくかもしれないし気づかないかもしれない。薄いもので本に挟まっていて購入者が気づかなかったのかもしれない。勘違いや誤解があるのなら確認する事で誤解を解く事ができるかもしれません。

もしくはAMAnoJACKさんの言う通り、返品に誘導する事かと。

いずれにしろ、やるべき事は、低評価を削除しようとするのではなく、まず事実(商品の状態)を確認する事だったと思いますよ。