保管期限経過での返送の場合 実費送料を差し引いて返金処理をするのですが

返金処理の前に まずは 購入者へ
『保管期限経過で商品が返送されましたので
規約に則り 実費送料を引かせて頂き 返金をさせて頂きます』 と

必ず メールをして下さい(購入者が読む読まないに 関係なく←Amazonに証拠を残すって意味です)
私なら その後 1日待って返金します。

Akubiさんのおっしゃられる手順を踏んだ後、
返品商品が到着してから確認をして返金処理でよいと思います。

今回のケースはユーザーに届いていないのでいいですが、
ユーザーより返送の場合破損等の可能性もあるので。

返金手順はヘルプにも書かれていますが、
注文管理の出荷済みから該当注文を開いて「注文を払い戻す」を選択
返金金額を入力して完了です。
返金金額を入力する際、発送料金やキャンセル料を差し引く場合は電卓たたいて数字を入れます。

出品者としての経験はまだ浅く、ご親切なご回答、ありがとうございました。
結局私も同じ対応したので、間違ってなくて、安心です。

今回のケースは購入者側での手違いだけで、悪質でなければいいですが、、、

色々とありがとうございました