やはり販売ではなく出品数でかかります

ヘルプ参照：大量出品手数料

大量出品手数料は、Amazonで出品中のメディア以外のSKUの数に基づき、毎月請求されます。

出品中のメディア以外のSKU数が200万点を超えた場合、SKUごとに0.05円の手数料が発生します。

たとえば、ある月に出品中のメディア以外のSKU数が合計で300万点になった場合、手数料は50,000円（3,000,000 - 2,000,000 SKU = 1,000,000 SKU × 0.05円）になります。